Иэясу считал, что Киото не может быть главным городом страны, и выбрал новое место для военной столицы – город Эдо, недалеко от Камакуры, имевший хорошие связи со всеми регионами Японии и подходящий рельеф для строительств порта. В 1603 году был основан новый сёгунат в Эдо (позднее Токио), по главе его стал Токугава Иэясу – сын Тоёми Хидэёси Хидэёри – не выдержал осады Осакского замка, длившейся целый год, и в 1615 году совершил харакири. В 1616 году умер и Иэясу. Но он оставил социальную и административную систему, ставшую залогом стабильности государства.

Нобунага собрал армию из 3000 солдат, вооруженных мушкетами, и в 1575 году разгромил отряды Такеда Ёсиаки в Нагасино. Был построен колоссальный замок в Адзути, и Нобунага контролировал большую часть страны вплоть до 1582 года, когда его предали собственные вассалы и он был вынужден совершить харакири. В 1590 году Тоёми Хидэёси (1536-1598) подчинил себе восточные провинции. Для сохранения он изменил политику налогообложения и запретил крестьянам иметь оружие. Хидэёси покровительствовал искусствам. В период его правления переживала расцвет художественная школа Кано, чайная церемония достигла совершенства. Но, как и все военные правители, Хидэёси был жесток и беспощаден.

Первыми европейцами, достигшими берегов Японии, были три португальских моряка, высадившихся в 1543 году на остров Танегасима у южной оконечности Кюсю. Они привезли мушкеты, которые были скопированы японскими оружейниками; в 1549 году Нобунага уже заказал 500 экземпляров для армии.

Торговцы проложили дорогу португальским и испанским миссионерам, среди которых был и Франциск Ксавье, приплывший в Японию в 1549 году. К концу века миссионеры обратили в христианство 150 000 японцев. Вначале на фоне государственной нестабильности и роста военизированных буддийских сект христианство воспринималось вполне спокойно, но вскоре оно стало представляться угрозой. Весь следующий век преследователи новой религии подвергались гонениям. Во время Симабарского восстания (1637-1638) было зверски убито 37 000 христиан.

Император Го-Дайго был слабым политиком. Его недолгое правление закончилось изгнанием, в которое его отправил сёгун Асикана Такаудзи (1305-1358). Военное правительство переместилось в Муромати (район Киото). Император Го-Дайго сформировал свое правительство, известное как Южный двор, в горах Ёсино на юге от Нары, Такаудзи в 13336 году привел к власти нового императора и основал Северный двор. Борьба между двумя дворами продолжалась свыше 50 лет, пока не были воссоединены сёгуном Асикага Ёсимицу (1358-1408) в 1392 году.

Один из величайших сёгунов клана Асикага, Ёсимицу, активировал торговлю с Китаем, улучшив финансовое положение Японии. При его правлении достиг наивысшего расцвета театр Но.

В 1189 году Минамото Ёсицунэ, преследуемый восставшим против него братом Ёримото, покончил жизнь самоубийством. Три года спустя Ёримото основал новую военную столицу в Камакуре, на северо-западе от современного Токио. Причиной этого было желание не допускать императора к государственным делам и держать его в Киото как некий божественный символ. Провозгласивший себя главнокомандующим, Ёримото возглавил военное правительство – бакуфу, состоявшее из провинциальных правителей, которым служили буси – воины. Фактически это была военная диктатура. После смерти Ёримото в 1199 году власть захватила семья его жены – жестокий клан Ходзё, который перенес часть ставки в Киото, тем самым усилив контроль над императорским двором. Сопротивление двора и его провинциальных союзников было подавлено в 1221 году, во время войны Дзёкю, а Ходзё получили контроль над очередностью наследования престола.

В Древней Японии правители не могли контролировать свои территории, на которых орудовали разбойники и воины-монахи. В результате междоусобиц выделились самые влиятельные и могущественные – предшественники крупных феодалов. Во время мирной эпохи Хэйан (974-1185) конфликты поутихли, но в XII веке разразилась война между двумя сильнейшими кланами – Тайра и Минамото. Главные действующие лица этой войны упоминаются в исторических документах как первые самураи.

Великий герой Минамото Ёсицунэ, разгромивший в 1185 году клан Тайра, стал образцом самурая, но именно его брат Ёримото явился основоположником сословия самураев, правившего Японией последующие 700 лет.

Период Камакура ознаменовался установлением кодекса чести самурая – бусидо (путь воина). Бусидо ставит честь клана превыше всего, в том числе и жизни, диктует абсолютное подчинение самурая сюзерену. Искуплением любой ошибки стало сэппуку (или харакири) – ритуальное самоубийство.

В 794 году император Каму снова переместил столицу на 16 км к северо-востоку от Нагаоки. Хэйан(кё) – «столица мира и спокойствия», позднее переименованная в Киото, стала величайшей копией Чанъаня. Это была эра клана Фудзивара, достигшего своего могущества при Митинаге (966-1028), который выдал четырех дочерей замуж за членов императорской семьи и открыл дорогу на трон двум своим племянникам и трем внукам.

В буддизме появились новые течения, особенно стоит отменить Тэндай, которое благодаря своей массовой направленности стало государственной религией.

После падения династии Тан в 907 году прекратились связи с Китаем. С этих пор культура Японии пошла своим путем. В эпоху Хэйан искусство достигло наивысшего расцвета; в литературе появился жанр дневников, был написан первый в мире роман – «Повесть о Гэндзи», который сочинила самая известная писательница того времени Мурасаки Сикибу.

В 710 году была провозглашена новая столица – Хэёдзё(кё), чуть западнее современной Нары. В VIII веке расширилась сеть дорог, связывающих столицу с провинцией. Это привело к дальнейшему объединению страны и укреплению правительственной власти. Во время правления императора Сёму (724-749) начался расцвет буддизма, строились храмы и монастыри, среди которых и великий храм Тодайдзи в Наре.

Период Асука, получивший название по имени первой столицы государства Ямато, предположительно находившейся на территории современных городов Осака и Нара, ознаменовался распространением в Японии китайской культуры. Вслед за буддизмом, завезенным из Кореи в середине VI века, в Японию из Китая пришли система управления государством и бюрократия, медицина и астрономия, конфуцианство и письменность. Этот процесс усилился во время правления представителей рода Сога, в частности принца Сётоку Тайси (574-622). Его деятельность привела к серьезным изменениям в сфере политики, образования и этики: была создана первая японская конституция, основанная на принципах конфуцианства, возникли новые направления в архитектуре, искусстве, литературе, было построено множество храмов, в том числе знаменитый Хорюдзи.

На протяжении периода Кофун (период древних курганов) выращивание риса было сконцентрировано на территории современного региона Кансай. Вероятно, это и была страна, описанная в китайских рукописях 6 века под названием Ямато. Огромные курганные захоронения на Хонсю и Кюсю указывают на то, что в период Кофун сильные племенные вожди смещали слабых, объединяя под своей властью значительные территории.